А сера с головок может навредить корням. Она попадет в грунт, а это не йас. Против мушек специальное лекарство есть - мелкие гранулки сыпешь на грунт и все.
Только я не поняла по поводу мушек, ты имеешь ввиду таких беленьких бикарасиков? Без крылышек?
С крылышками - это уже белокрылка, очень опасный вредитель, от которого очень трудно избавиться.